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PathGen-1.6M MotivationImage-test dataset의 규모가 너무 적음: 웹사이트, 책에서 수집된데이터로 스케일을 키우는건 한정적.Image quality:압축하는 과정 때문에 이미지 퀄리티가 저하.image-text 의 퀄리티: text에 의미없는 정보 꽤 있음. 데이터 구성큰 구성은 1)Agent Model 준비과 2) 데이터구성 파이프라인으로 나뉨 Agent model생성하기: 3개의 Agent을 생PathGen-CLIP-L: 문제점(병리트고하된 모델이 아님)PathCAP, Quilt-1M, OpenPath 데이터를 합쳐서 700K의 이미지의 데이터셋을 구성CLIP을 이용해서 병리에 특화된 CLIP모델을 생성. Description LLM Agent: 기존문제점(기존 캡셔닝은 너무 단순한 수준) .. 2025. 8. 27.
Yottixel, SISH, RCCNet PreliminaryCBIR(content-based image retrieval): 이미지 내용기반 검색 방법. 주로 WSI을 패치화후 집계한 특징을 이용mMV@k (majority top-k accuracy): 상위 k개의 검색결과에서 가장 많이 등장한 라벨이, 쿼리패치 라벨과 정답이 일치하는지를 측 주요 방법론Yottixel (2019, MIA)모자이크 생성입력: 하나의 WSI 패치화: 저해상도 조직 영역만 패치화 진행(5x)RGB 히스토그램계산: 각 패치의 모든 RGB histogram 계산컬러 기반 클러스터링: 2.에서 계산한 RGB 히스토그램을 벡터로 고려하여 클러스터링을 진행. (색상기반 클러스터, k=9)위치 내부클러스터링: 3.에서 계산한 각 클러스터 내부에서도 위치 기반으로 클러스터링.. 2025. 7. 23.
Similar image search for histopathology: SMILY Similar Medical Images Like Yours (SMILY)방법론임베딩: CNN을 이용해서, 고정길이 벡터로 만듬아키텍처: Deep ranking network트리플렛(Triplet)기반:라벨도 주어짐(reference image) second image(I+), third image(다른클레스, I-)각 세개의 벡터의 쌍의 거리를 연산: D(I, I+) 평가방법Annotation기반 정량평가: 전문의가 사전에 패치 단위로 부위를 라벨하고, 검색을 한다음에 Top-5 accuray을 확인Prospective study (전향적 실험): 랜덤 검색결과와 SMILY 검색결과를 블라인드로 평가동일한 조직학적 특징인지? 동일한 장기(organ)에서 나온건지? 동일한 gradining인지 요약=>.. 2025. 7. 21.
Scoping review vs Systematic view 차이 Scoping reviewSystematic review연구목적연구 전반을 지도처럼 매핑하여 범위,분포,연구공백파악특정 질문에 대한 가장 신뢰할만한 근거를 종합/권고연구 질문 형태넓고 탐색적"무엇이 존재하는가?"좁고 구체적"A가 B에 효과적인가?"검색 범위 선정 기준포함/제외 기준이 우연연구 설계 제한 적음RCT등 기준을 엄격히 규정비판적 질 평가선택 사항(필수 X)필수데이터 합성빈도/주제별 서술/도식화 (메타분석 거의X)정량(메타분석) 또는 정성 조합으로 효과 추정치제시결과 산출물개념 지도효과 크기근거 수준보고 지침JBI methdologyhttps://jbi.global/scoping-review-network/resourcesPRISMA 2020 27하옴ㄱ프로토콜 등록권장필수에 가까움소요시간주제/.. 2025. 7. 5.
Cellpose: a generalist algorithm for cellular segmentation PreliminaryInstance segmentation: total loss = class loss + bbox loss + masking lossmasking loss은 인스터별로 BCE을적 Motivation현미경이미지에서 Cell segmentation을 진행하는게 데이터에 특이적이라 일반화가 어려움.그래서, Data Science Bowl challange을 2019년에 열었고, 이 Cellpose 논문은 이 챌린지의 후속작으로 데이터를 더 많이 모은 Data Science Bowl challange에서는 핵을 주로 찾는 대회였는데, 이 연구에서는 더 다양한 이미지의 세포를 분절하는게 목적 Methods: Instance segmentation model마스킹 변환Cell mask predi.. 2025. 6. 25.
Delving into Out-of-Distribution Detection with Vision-Language Representations Motivation대부분의 OOD 문제는 Single modality임. 언어모델과 비쥬얼모델의 결합으로 더 풍부하게 표현 가능함Zero-shot OOD detection 진행 MethodsZero-shot OOD: 목표Known class에 해당하는지(ID) 아닌지(OOD) 여부를 결정.알고있는 샘플(ID)라면, known class에서 클레스를 할 Concept matching입력 텍스트: $t_{i}$Text encoder: $\mathcal{T}$입력 이미지: $\mathcal{x}'$Image encoder: $\mathcal{I}$텍스트와 이미지의 코사인유사도: $ s_{i}\mathcal(x) = \frac{ \mathcal{I}(x') \cdot \mathcal{T}(t_{i})}{.. 2025. 6. 24.